多数牙龈囊肿无须手术治疗，可通过药物控制或观察处理。处理方式主要有药物消炎、囊肿穿刺、手术切除、定期复查。
感染性牙龈囊肿可遵医嘱使用阿莫西林、甲硝唑、头孢克洛等抗生素控制炎症，多数情况下囊肿会自行消退。
较大囊肿可在门诊进行穿刺抽液，配合局部注射糖皮质激素如地塞米松促进囊壁萎缩，创伤小于手术切除。
反复发作或直径超过1厘米的囊肿建议手术，采用牙龈翻瓣术或囊肿摘除术彻底清除病变组织，防止复发。
无症状的小囊肿可每3-6个月口腔检查，通过曲面断层片监测变化，约三成囊肿会自然吸收。
日常注意口腔卫生，使用软毛牙刷避免刺激囊肿部位，出现肿大疼痛或影响咀嚼功能时需及时就医评估。
