治疗疟疾的药物主要有青蒿琥酯、双氢青蒿素、氯喹、伯氨喹等，具体用药需根据疟原虫种类及患者身体状况由医生制定方案。
青蒿琥酯是青蒿素衍生物，对恶性疟原虫有快速杀灭作用，适用于重症疟疾抢救，可能出现网织红细胞一过性降低等不良反应。
双氢青蒿素通过破坏疟原虫膜结构发挥作用，对间日疟和恶性疟均有效，常见头痛、食欲减退等轻微副作用。
氯喹用于敏感疟原虫株治疗，可干扰原虫核酸代谢，长期使用需警惕视网膜毒性，目前部分区域已出现耐药性。
伯氨喹可杀灭疟原虫休眠体防止复发，使用前须检测葡萄糖-6-磷酸脱氢酶，避免诱发溶血性贫血。
疟疾治疗需规范完成全程用药，用药期间出现血红蛋白尿或黄疸等严重反应应立即就医，疫区居留者应做好防蚊措施。
