莲子具有补脾止泻、益肾固精、养心安神的药用价值，主要用于脾虚泄泻、遗精滑精、心悸失眠等症状。莲子含有丰富的淀粉、蛋白质、维生素及钙、磷、铁等矿物质，其药用成分包括生物碱、黄酮类化合物等。
莲子味甘性平，归脾经，能健脾益气，改善脾虚引起的慢性腹泻、食欲不振。莲子中的鞣质成分可收敛肠道黏膜，减少水分流失，缓解泄泻症状。对于脾胃虚弱者，常与山药、茯苓配伍使用，如中成药参苓白术丸含莲子成分。
莲子入肾经，具有固摄肾气的作用，适用于肾虚不固导致的遗精、滑精、夜尿频多。莲子芯所含莲心碱可通过调节自主神经功能改善生殖系统异常兴奋状态。临床常用金锁固精丸等含莲子制剂治疗相关病症。
莲子芯的莲心碱具有轻度镇静作用，能降低大脑皮层兴奋性，改善心悸、失眠多梦等心神不宁症状。传统方剂如天王补心丹将莲子与酸枣仁、柏子仁同用，增强安神效果。现代研究显示其黄酮类成分可调节γ-氨基丁酸受体功能。
莲子多酚类物质能清除自由基，抑制脂质过氧化反应，其抗氧化活性相当于维生素E的3-5倍。这种特性有助于延缓衰老，预防动脉粥样硬化。实验表明莲子提取物可提升超氧化物歧化酶活性，保护细胞免受氧化损伤。
莲子多糖可通过抑制α-葡萄糖苷酶活性延缓碳水化合物分解，平稳餐后血糖曲线。动物实验发现其能改善胰岛素抵抗，但临床用于糖尿病辅助治疗时需配伍黄芪、葛根等药材，如中成药消渴丸即含莲子成分。
食用莲子建议去芯以减少苦寒之性，每日用量10-15克为宜，可煮粥或煲汤。脾虚便溏者宜用炒莲子，失眠患者建议保留莲子芯。需注意莲子淀粉含量高，糖尿病患者应控制摄入量。使用莲子治疗疾病时，建议在中医师指导下配伍其他药物，避免单独大量长期服用。储存时应置于阴凉干燥处，防止霉变。
