肛瘘通常不会自愈，若不治疗可能持续数月到数年，具体时间与瘘管位置、感染程度等因素有关。
1、浅表肛瘘
单纯性浅表肛瘘可能暂时症状减轻，但易反复发作，伴随肛门潮湿、瘙痒，需手术切除瘘管。
2、复杂性肛瘘
涉及肛门括约肌的瘘管可能长期流脓，导致局部硬结和疼痛，需挂线疗法或括约肌保留手术。
3、继发感染
未治疗的肛瘘可能引发肛周脓肿，表现为红肿热痛，需抗生素控制感染后行根治性手术。
4、恶变风险
长期慢性炎症刺激可能增加癌变概率，尤其病程超过10年者需病理检查排除恶变。
肛瘘患者应保持肛门清洁，避免久坐久站，及时就医评估手术指征，术后需定期复查防止复发。
