辣椒素确实能杀死某些细菌，其抗菌效果与细菌种类和浓度有关。辣椒素对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等部分革兰氏阳性菌和阴性菌具有抑制作用，但对某些耐药菌或真菌效果有限。
辣椒素的抗菌机制主要通过破坏细菌细胞膜结构实现。辣椒素能插入细菌细胞膜的磷脂双分子层，增加膜通透性，导致细胞内离子失衡和内容物泄漏。高浓度辣椒素还可干扰细菌能量代谢，抑制ATP合成。实验表明，辣椒素对食源性致病菌如沙门氏菌的抑制效果较明显，在食品防腐领域有一定应用潜力。
部分细菌可能对辣椒素产生耐受性，如铜绿假单胞菌等具有外排泵系统的耐药菌。辣椒素对细菌的杀灭效果受环境pH值、温度等因素影响，酸性环境下抗菌活性更强。临床治疗中不宜单独依赖辣椒素抗菌，需结合规范抗生素使用。
日常饮食中辣椒素摄入量远低于抗菌所需浓度，不可替代药物治疗。若出现细菌感染症状，应及时就医进行病原学检测，遵医嘱使用抗生素。保持饮食卫生、生熟分开、充分加热食材是预防细菌感染的基础措施，辣椒等香辛料可作为辅助调味品适量使用。
