肾囊肿多数情况下可以通过定期监测和生活方式调整控制，治疗方法主要有观察随访、药物治疗、穿刺引流、手术切除。
单纯性肾囊肿体积较小时无须特殊处理，建议每6-12个月复查超声监测囊肿变化，避免剧烈运动防止囊肿破裂。
感染性囊肿需使用抗生素如左氧氟沙星、头孢曲松钠，疼痛明显时可遵医嘱服用布洛芬缓解症状，药物控制期间需定期复查肝肾功能。
直径超过5厘米的囊肿可在超声引导下穿刺抽液，同时注入无水乙醇硬化囊壁，该方法适用于有明显压迫症状但肾功能正常的患者。
多囊肾或怀疑恶变的复杂囊肿需行腹腔镜囊肿去顶术，术后需监测血压和肾功能，避免使用肾毒性药物。
日常需控制血压血糖，限制高蛋白饮食，避免腰部撞击，出现血尿或腰痛加剧应及时就医复查。
