儿童接受磁共振检查通常安全，可能出现的不良反应主要包括幽闭恐惧反应、金属异物风险、造影剂过敏及体温轻微升高等。
儿童在狭窄的检查舱内可能产生焦虑或恐慌，建议家长提前进行心理疏导，必要时可遵医嘱使用镇静药物如地西泮口服溶液、水合氯醛合剂或右美托咪定鼻喷剂。
体内金属植入物可能移位或发热，家长需确认儿童无金属牙套、心脏起搏器等禁忌物品，检查前须由技师进行安全筛查。
钆造影剂可能导致皮疹或呼吸困难等过敏反应，若需增强扫描，家长应告知医生过敏史，备有肾上腺素注射液、苯海拉明注射液及地塞米松磷酸钠注射液应急。
射频脉冲可能使体表温度轻微升高，检查室会监测体温，建议家长给儿童穿着纯棉衣物便于散热。
检查后建议儿童多饮水促进造影剂排泄，观察有无迟发过敏反应，日常避免携带金属物品进入检查区域。
