过量饮用柠檬水可能引起牙齿敏感、胃肠不适、肾结石风险增加、药物相互作用等问题。
柠檬水中的酸性物质长期接触牙釉质可能导致牙齿脱矿，引发敏感或龋齿，饮用后建议清水漱口，使用含氟牙膏帮助修复。
空腹大量饮用可能刺激胃黏膜，诱发反酸、胃痛等症状，胃肠功能较弱者应稀释饮用或搭配食物，必要时可服用铝碳酸镁片等胃黏膜保护剂。
柠檬酸与钙结合可能形成草酸钙结石，有结石病史者需控制摄入量，每日饮水建议超过2000毫升以降低风险。
柠檬酸可能影响喹诺酮类抗生素、抗凝药华法林等药物代谢，服药期间需遵医嘱调整饮用量，避免降低药效或增强毒性。
建议每日柠檬水摄入量不超过1000毫升，避免空腹饮用，长期饮用者定期进行口腔和肾功能检查。
