多数肛周脓肿需要手术治疗，少数早期小脓肿可通过抗生素和局部护理控制。处理方式主要有切开引流、挂线疗法、抗生素治疗、中药坐浴。
适用于大多数肛周脓肿，通过手术切开脓腔排出脓液，可能与细菌感染、肛腺阻塞等因素有关，通常表现为红肿热痛、发热等症状。
针对高位复杂性脓肿，用橡皮筋缓慢切开瘘管，可能与糖尿病、克罗恩病等基础疾病有关，通常伴随反复流脓、肛周硬结。
仅适用于早期小范围脓肿，常用药物包括头孢曲松钠、甲硝唑、左氧氟沙星等，须配合温水坐浴。
作为辅助治疗手段，可选用苦参、黄柏、蒲公英等清热解毒药材煎汤熏洗，帮助缓解局部炎症。
术后需保持肛周清洁干燥，避免久坐久站，饮食宜清淡富含膳食纤维，促进创面愈合。
