大脑炎后遗症可能包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作和精神行为异常，具体表现与脑组织受损部位和严重程度相关。
额叶或颞叶受损可能导致记忆力减退、注意力下降或执行功能障碍，可通过认知训练和营养神经药物如胞磷胆碱、奥拉西坦、吡拉西坦进行干预。
基底节区病变易引发肢体瘫痪、共济失调或肌张力异常，康复训练结合巴氯芬、甲钴胺、维生素B1等药物有助于功能恢复。
大脑皮层病灶可能遗留继发性癫痫，需长期服用抗癫痫药物如丙戊酸钠、左乙拉西坦、卡马西平控制发作。
边缘系统受累可能出现情绪障碍或人格改变，心理治疗配合喹硫平、舍曲林、奥氮平等药物可改善症状。
后遗症患者需定期神经科随访，坚持康复训练并保持均衡饮食，适当补充核桃、深海鱼、蓝莓等富含不饱和脂肪酸和抗氧化物食物。
