新生儿血小板低的原因可分为免疫性、感染性因素、遗传性因素和未分类因素。免疫性，包括同种免疫性血小板减少症，是指母亲和孩子的血小板抗原是不同的。因为婴儿一半的基因来自父亲，婴儿的抗原性，即身体的免疫特性必须不同于母亲，有些会导致同种免疫血小板减少，即血小板被破坏。
第二是免疫因素，先天性被动血小板减少，即母亲有特发性血小板减少，婴儿也会有。因为在这种情况下，母亲体内可能存在一些影响血小板生命的因素。还有一些药物易导致新生儿血小板减少的，还有溶血和血小板减少症。感染也是比较常见的因素，还有如遗传性或硬化性水肿、红细胞增多、巨大血管瘤、坏死性小肠结肠炎等，可导致血小板减少，其病因非常复杂。
