EV71阴性也可能是手足口病。手足口病可由多种肠道病毒引起，EV71只是其中一种常见病原体，其他如柯萨奇病毒A16型等同样会导致该病。
肠道病毒71型是引发手足口病的重要病原体之一，其感染可能导致重症病例。但临床诊断手足口病并不依赖单一病毒检测，需结合典型症状判断。患儿出现发热、口腔疱疹及手足臀部皮疹时，即使EV71检测阴性，仍可能被诊断为手足口病。病原学检测中约20-30％病例由柯萨奇病毒A组引起，部分病例甚至无法明确具体病毒类型。
少数情况下，其他病毒感染或非感染性疾病可能表现类似症状。单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒感染时可能产生相似皮疹，药物过敏反应也可能出现皮肤黏膜损害。这类情况需要通过详细病史采集、全面体格检查及实验室检测进行鉴别诊断。
手足口病患儿无论病毒类型如何，均需做好隔离防护。家长应密切观察患儿精神状态、体温变化及有无肢体抖动等神经系统症状，保持皮肤清洁避免继发感染，选择温凉流质饮食减轻口腔疼痛。出现持续高热、呕吐或意识改变等症状时须立即就医。
