室间隔缺损手术后可能有后遗症，但多数患者术后恢复良好。后遗症的发生与缺损大小、手术时机、术后护理等因素相关。
室间隔缺损手术后常见的后遗症包括心律失常、残余分流和肺动脉高压。心律失常多因手术对心脏传导系统的干扰，表现为心悸或胸闷，需通过心电图监测。残余分流指术后仍有少量血液从左心室向右心室分流，轻度分流通常无须处理，重度需二次手术。肺动脉高压是长期左向右分流导致肺血管阻力升高，术后需定期复查心脏超声。
少数患者可能出现感染性心内膜炎或瓣膜功能障碍。感染性心内膜炎与术后抵抗力下降有关，需预防性使用抗生素。瓣膜功能障碍多因手术中牵拉瓣膜结构，导致关闭不全或狭窄，严重时需药物控制或再次手术。极少数患者因术中体外循环可能遗留神经系统并发症。
术后应严格遵医嘱服用抗凝药物如华法林钠片，避免剧烈运动，定期复查心脏超声和胸片。保持均衡饮食，适当补充优质蛋白如鱼肉、鸡蛋，限制钠盐摄入。出现不明原因发热、呼吸困难或持续胸痛时需立即就医。婴幼儿患者家长需注意观察喂养困难和发育迟缓迹象。
