急性结膜炎可能反复发作，但多数患者经规范治疗后可痊愈。反复发作可能与治疗不彻底、病原体持续感染、免疫力低下等因素有关。
急性结膜炎若未规范用药或过早停药，可能导致病原体未被完全清除，从而引起复发。细菌性结膜炎患者需遵医嘱足疗程使用抗生素滴眼液，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等；病毒性结膜炎需配合抗病毒药物如更昔洛韦眼用凝胶。日常接触感染源如污染的手部、毛巾等物品也会增加复发概率，需注意隔离个人用品并加强手卫生。
部分患者因基础疾病导致免疫力低下，如糖尿病、干燥综合征等，可能使结膜炎迁延不愈。过敏性结膜炎患者反复接触过敏原如花粉、尘螨时，症状易反复出现。这类情况需同步治疗原发病或规避过敏原，必要时采用免疫调节治疗。
预防急性结膜炎复发需注意避免揉眼，保持眼部清洁干燥，游泳时佩戴护目镜。出现眼红、分泌物增多等症状时应及时就医，避免自行用药。儿童患者家长需监督用药并定期复查，确保彻底治愈。
