发芽的山药一般可以吃，但需彻底去除发芽部分及周围组织。山药发芽后会产生少量龙葵碱，可能引起胃肠不适，但毒性远低于马铃薯发芽。
山药发芽后，芽眼及变绿部位龙葵碱含量较高，食用前应削去发芽周边2厘米厚度的肉质。龙葵碱在高温下部分分解，建议切片后沸水焯烫3分钟再烹调。正常食用量下，处理得当的发芽山药不会导致中毒，其淀粉、黏液蛋白等营养成分仍可被人体吸收利用。新鲜山药发芽多因储存环境潮湿或时间过长，可将未食用部分用报纸包裹后置于阴凉通风处保存。
若误食未处理的发芽山药，可能出现口腔麻木、恶心等症状，可立即饮用大量温水催吐。幼儿、孕妇及消化功能较弱者应避免食用发芽山药，这类人群对生物碱更为敏感。山药表皮出现大面积黑斑或霉变时，即使未发芽也不建议食用，霉菌毒素可能渗透至深层组织。
日常选购时应挑选表皮光滑、无芽点的新鲜山药，切开后肉质洁白为佳。山药富含淀粉酶抑制剂，生食可能影响消化，建议熟制后食用。对山药黏液蛋白过敏者，处理时可佩戴手套避免皮肤接触。将山药与大米同煮可降低黏液蛋白的致敏性，适合初次尝试者少量食用。
