熏艾对流感病毒可能有一定抑制作用，但无法完全杀灭病毒。流感病毒主要通过飞沫传播，熏艾产生的烟雾可能降低局部环境中的病毒载量，但效果有限。
艾叶燃烧时释放的挥发油成分如桉叶素、樟脑等具有抗菌作用，实验室研究显示这些成分对部分呼吸道病毒有抑制效果。传统中医认为艾烟可净化空气，现代研究也证实其烟雾中的某些成分能干扰病毒活性。在通风不良的密闭空间内，熏艾可能减少空气中悬浮的病毒颗粒浓度。
但流感病毒在人体细胞内繁殖，熏艾无法直接杀灭已感染的病毒。病毒通过呼吸道黏膜感染后，熏艾的烟雾反而可能刺激呼吸道加重咳嗽症状。对于悬浮在空气中的病毒，需要达到特定浓度和接触时间的艾烟才可能起效，日常居家熏艾难以满足这些条件。
预防流感最有效的方式是接种疫苗、佩戴口罩和勤洗手。熏艾可作为辅助手段，但不可替代正规防护措施。若出现发热、肌肉酸痛等流感症状，应及时就医而非依赖熏艾。熏艾时需注意通风，避免烟雾浓度过高引发呼吸道不适，孕妇及哮喘患者应慎用。
