肛瘘切除瘘管后仍可能复发，但规范治疗可显著降低复发概率。复发风险主要与手术方式选择、术后护理、感染控制等因素相关。
肛瘘手术复发常见于高位复杂性肛瘘或未彻底清除内口的病例。传统瘘管切开术复发概率较高，而采用挂线疗法、括约肌间瘘管结扎术等现代术式能更好保护肛门功能并减少复发。术后创面感染、粪便污染、过早剧烈活动等因素可能延迟愈合，增加复发风险。糖尿病患者、克罗恩病患者等因组织修复能力差，复发概率相对更高。
少数情况下，肛瘘复发与术前未发现的支管残留、新发感染灶形成有关。极特殊病例可能存在结核性肛瘘或恶性肿瘤导致的瘘管，这类情况需针对原发病治疗。术后出现持续疼痛、渗液或硬结时，应及时复查排除复发可能。
术后保持肛门清洁干燥，每日用温水坐浴，避免久坐久站。饮食需增加膳食纤维摄入，防止便秘或腹泻。定期复查至创面完全愈合，发现异常及时就医。吸烟者需戒烟以促进组织修复，糖尿病患者应严格控制血糖。
