衣原体和支原体是两类不同的微生物，主要区别在于细胞结构、致病性和治疗方法。
衣原体具有不完整的细胞壁结构，含有DNA和RNA两种核酸，属于专性细胞内寄生菌，必须依赖宿主细胞才能繁殖。支原体则完全缺乏细胞壁，仅有细胞膜包裹，是已知最小的可独立生存的原核生物，其基因组大小仅为衣原体的三分之一左右。
衣原体主要引起沙眼、生殖道感染和肺炎，其中沙眼衣原体可导致失明，肺炎衣原体则引发非典型肺炎。支原体肺炎是最常见的支原体感染，表现为顽固性干咳，生殖道支原体可能与非淋菌性尿道炎相关，但致病性较衣原体弱。
衣原体检测多采用抗原检测或核酸扩增技术，样本常取自眼结膜或生殖道分泌物。支原体培养需要特殊培养基，临床更倾向血清学检测或PCR技术，呼吸道标本和泌尿生殖道标本均可用于检测。
衣原体对四环素类和大环内酯类抗生素敏感，常用多西环素片、阿奇霉素胶囊治疗。支原体因缺乏细胞壁对青霉素无效，但对红霉素肠溶片、克拉霉素片等大环内酯类抗生素敏感，部分菌株可能对喹诺酮类如左氧氟沙星片产生耐药性。
衣原体主要通过直接接触传播，如性接触或母婴垂直传播，沙眼衣原体还可通过共用毛巾等物品传播。支原体肺炎通过飞沫传播，生殖道支原体则主要通过性接触传播，但后者在健康人群泌尿生殖道中也可能存在定植。
日常预防需注意个人卫生，避免不安全性行为，出现疑似症状应及时就医检查。衣原体和支原体感染的治疗需严格遵医嘱完成全程用药，防止耐药性产生。呼吸道感染高发季节应佩戴口罩，生殖道感染患者治疗期间应避免性生活，同时建议性伴侣共同接受筛查和治疗。
