南瓜子不适合消化功能较弱、过敏体质、胆囊疾病患者、肥胖人群以及肾病患者食用。南瓜子含有较多脂肪和磷元素，可能加重消化负担或诱发健康风险。
南瓜子外壳坚硬且富含膳食纤维，胃肠功能较差者食用后可能出现腹胀、腹痛等消化不良症状。慢性胃炎或肠易激综合征患者更需谨慎，建议选择去壳南瓜子仁并控制单次摄入量在10克以内。
部分人群对南瓜子蛋白成分过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、口腔黏膜水肿等过敏反应。既往有坚果类食物过敏史者应避免食用，首次尝试时可先少量测试观察身体反应。
每100克南瓜子含脂肪约49克，高脂饮食可能刺激胆囊收缩诱发胆绞痛。胆囊炎、胆结石患者需严格限制摄入，急性发作期应完全避免食用。
南瓜子热量较高，每100克约含574千卡，长期过量食用可能导致能量过剩。体重管理期间建议每日摄入不超过20克，同时相应减少其他油脂类食物的摄入量。
南瓜子磷含量达1230毫克/100克，肾功能不全者难以代谢多余磷元素，可能引发高磷血症。透析患者尤需注意，日常饮食需在营养师指导下严格控制坚果类摄入。
健康人群每日食用南瓜子建议控制在30克以内，优先选择原味未加工产品。食用后出现恶心、皮疹等不适症状应立即停食，症状持续需就医检查。储存时注意防潮防霉变，霉变南瓜子可能产生黄曲霉毒素等有害物质。特殊疾病患者应在医生或营养师指导下制定个性化饮食方案。
