先天性甲状腺功能减退症是否严重需结合病情程度判断，多数情况下通过早期干预可有效控制，但未经治疗可能导致生长发育障碍和智力损伤。
先天性甲状腺功能减退症若在新生儿筛查阶段被发现并立即开始治疗，患儿通常能正常生长发育。规范使用左甲状腺素钠片替代治疗，定期监测甲状腺功能，多数患儿体格和智力发育与健康儿童无显著差异。早期治疗的患儿出现严重并发症的概率较低，预后较好。
若未能及时诊断和治疗，先天性甲状腺功能减退症可能造成不可逆损害。甲状腺激素缺乏会影响大脑发育，导致智力低下、听力障碍和运动功能障碍。长期未治疗的患儿可能出现身材矮小、骨骼发育延迟、皮肤干燥等全身性症状，严重者可能发展为克汀病。部分合并心脏畸形或其他先天异常的病例，病情复杂程度更高。
建议所有新生儿接受足跟血筛查，确诊患儿需终身随访。家长应遵医嘱调整药物剂量，定期评估身高体重、骨龄及神经发育状况。哺乳期母亲需保证碘摄入，避免食用抑制甲状腺功能的食物。出现发育迟缓、喂养困难或异常嗜睡等症状时需立即就医。
