支原体和衣原体感染的严重程度需根据具体感染部位和个体情况判断，两者均可引发从轻微到严重的疾病。支原体肺炎常见于儿童及青少年，病程较长但多为自限性；衣原体感染如沙眼衣原体可能导致生殖系统并发症或新生儿感染，需及时干预。
支原体感染以呼吸道症状为主，典型表现为顽固性干咳、低热，肺部体征轻但影像学改变明显，病程可持续数周。肺炎支原体感染可能诱发哮喘急性发作或肺外并发症如溶血性贫血、皮疹。治疗首选大环内酯类抗生素如阿奇霉素干混悬剂、克拉霉素片，耐药时可选用多西环素胶囊。衣原体感染中，沙眼衣原体是性传播疾病常见病原体，女性感染可能无症状但导致盆腔炎、不孕，新生儿经产道感染可发生结膜炎或肺炎。生殖道衣原体感染需使用阿奇霉素片或多西环素片规范治疗，伴侣需同步治疗。
衣原体肺炎多见于婴幼儿，表现为气促、喘憋，易与病毒性肺炎混淆。鹦鹉热衣原体接触禽类后可能引发高热、肺炎甚至多器官衰竭。衣原体感染更易转为慢性或潜伏感染，沙眼衣原体反复感染可致失明。特殊人群如孕妇感染衣原体可能引发早产，需用阿奇霉素分散片治疗。两种病原体均可通过血清学检测或核酸扩增试验确诊，治疗不及时均可能遗留后遗症。
预防支原体和衣原体感染需注意呼吸道防护与性传播阻断。咳嗽礼仪、戴口罩可减少支原体传播，安全性行为及孕前筛查能预防衣原体感染。出现持续咳嗽、泌尿生殖道异常分泌物等症状时，应及时进行病原体检测并完成全程抗生素治疗，避免自行用药导致耐药性产生。
