生殖器疱疹需要与梅毒、软下疳、固定型药疹、接触性皮炎、白塞病等疾病进行鉴别。生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的性传播疾病，典型表现为外生殖器簇集性水疱，需通过临床表现、实验室检查与其他疾病区分。
梅毒一期硬下疳表现为无痛性溃疡，基底清洁呈软骨样硬度，暗视野显微镜可检出梅毒螺旋体。二期梅毒疹可泛发全身，实验室检查梅毒螺旋体颗粒凝集试验阳性。与生殖器疱疹的疼痛性水疱、病毒培养阳性结果有显著差异。
软下疳由杜克雷嗜血杆菌感染导致，溃疡边缘不整齐呈潜行性，基底有脓性分泌物，疼痛明显。分泌物涂片可见短链状革兰阴性杆菌，与疱疹病毒引起的表浅糜烂、Tzanck试验阳性结果不同。
固定型药疹有明确用药史，皮损为边界清楚的暗红斑或大疱，愈后遗留色素沉着。无前驱症状且不复发，与疱疹的复发性病程、病毒检测阳性可鉴别。
接触性皮炎表现为接触部位红斑、丘疹或水疱，伴剧烈瘙痒，斑贴试验可明确致敏原。无全身症状和淋巴结肿大，区别于疱疹的烧灼痛、腹股沟淋巴结肿痛等表现。
白塞病可伴发生殖器溃疡，但常合并口腔溃疡、眼炎及皮肤毛囊炎，病理表现为血管炎。需结合针刺反应阳性等全身表现，与单纯疱疹病毒的局限性感染区分。
出现生殖器皮损时应避免搔抓，保持患处清洁干燥，穿宽松棉质内衣。急性期需暂停性生活，伴侣应同时接受检查。日常注意增强免疫力，减少熬夜和压力，复发期间可局部冷敷缓解疼痛。所有疑似病例均需经专业医生结合病史、体检和实验室检查确诊，不可自行用药延误治疗。
