严重角膜炎的预后通常与病因、治疗时机及并发症控制有关，多数患者经规范治疗可恢复视力，但部分可能遗留角膜瘢痕或视力障碍。
细菌性角膜炎早期足量使用抗生素滴眼液如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液，配合角膜修复凝胶如重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液，炎症控制后视力恢复较好。真菌性角膜炎需长期应用抗真菌药物如那他霉素滴眼液，若未及时干预可能引发角膜穿孔，预后较差。病毒性角膜炎易复发，需持续使用更昔洛韦眼用凝胶抑制病毒复制，反复发作可能导致角膜基质炎性混浊。合并角膜溃疡者需避免揉眼，必要时行羊膜覆盖术促进愈合，深度溃疡愈合后常遗留角膜云翳。继发青光眼或虹膜睫状体炎时需联合降眼压药物如布林佐胺滴眼液和激素类眼药水如氟米龙滴眼液，控制不佳者可能需角膜移植。
角膜炎预后与日常护理密切相关，恢复期需佩戴防护镜避免强光刺激，严格遵医嘱用药并定期复查角膜地形图。饮食应补充维生素A和优质蛋白如鱼类、鸡蛋，避免辛辣食物刺激。出现眼痛加重或视力骤降需立即就医，防止不可逆性视力损伤。角膜移植术后患者需终身随访排斥反应，保持眼部清洁降低感染风险。
