慢性骨髓炎的预后与病情严重程度、治疗时机及方式密切相关，早期规范治疗可显著改善预后，延误治疗可能导致骨质破坏、功能障碍等长期并发症。
慢性骨髓炎若在发病初期得到及时干预，通过足疗程抗生素治疗和局部清创，多数患者可实现临床治愈。常用抗生素包括注射用头孢曲松钠、盐酸左氧氟沙星氯化钠注射液等，需根据药敏结果选择。感染控制后骨质修复通常需要数月，期间需定期复查影像学评估。合并糖尿病或免疫功能低下者需同步控制基础疾病，否则易复发。
病程超过3个月未规范治疗者，可能出现死骨形成、病理性骨折或窦道经久不愈。此类患者往往需要骨科手术清除坏死组织，辅以持续灌洗引流，部分病例需植骨修复骨缺损。术后康复期可能延长至1-2年，约20％-30％患者会因细菌生物膜形成导致反复感染。儿童患者若累及骨骨骺板可能影响肢体发育，需长期随访。
慢性骨髓炎患者应严格遵医嘱完成抗感染疗程，避免负重和剧烈运动。日常需保证优质蛋白摄入如鱼肉蛋奶，补充维生素D和钙剂促进骨修复。出现患肢肿胀、疼痛加剧或发热时应立即复诊。吸烟、酗酒会显著延缓愈合，必须戒除。康复期可进行非负重关节活动度训练，预防肌肉萎缩和关节僵硬。
