芽菜可通过清炒、凉拌、煮汤、蒸制等方式烹饪，有助于保留营养。推荐搭配鸡蛋、豆腐、虾仁、香菇等食材，避免高温长时间烹煮。
热锅少油快速翻炒芽菜，加入蒜末提香，可保留大部分维生素C和膳食纤维，适合豆芽、豌豆苗等脆嫩品种。
焯水30秒后过冷水，拌入芝麻酱或香醋，能最大限度保留芽菜中的活性酶类物质，适合苜蓿芽、萝卜苗等。
待汤煮沸后最后放入芽菜，煮1分钟内关火，利用余温烫熟，可溶解部分水溶性维生素到汤中，适合黄豆芽、绿豆芽。
铺在蒸鱼或肉饼上同蒸3分钟，蒸汽加热能减少营养流失，适合较粗的香椿芽、花生芽等。
选择新鲜无腐烂的芽菜，烹饪前用流水冲洗但不宜浸泡，避免与含草酸高的菠菜同食影响钙吸收，消化功能较弱者应充分加热。
