肠镜检查后可能出现短暂腹胀、轻微腹痛、少量出血等后遗症，严重并发症如肠穿孔、大出血概率极低。后遗症程度主要与操作技术、肠道准备、患者基础疾病等因素相关。
检查时注气可能导致腹胀，通常排气后数小时缓解，可通过走动促进气体排出。
肠镜牵拉或活检可能引起轻度隐痛，多数1-2天自行消失，持续疼痛需就医排除穿孔。
活检或息肉切除后可能出现便血，通常量少且短暂，大量出血或持续3天以上需紧急处理。
器械消毒不彻底可能引发感染，表现为发热、持续腹痛，需及时抗生素治疗。
检查后2小时内禁食，24小时内避免剧烈运动，出现剧烈腹痛、便血增多或发热应立即就医。
