胃镜和肠镜的不适感因人而异，多数患者认为胃镜比肠镜更难受。不适程度主要与检查部位敏感度、操作时间、患者耐受性、术前准备充分性等因素有关。
1、检查部位：胃镜经咽喉进入食管和胃部，咽喉反射易引发恶心呕吐；肠镜通过肛门进入直肠和结肠，肛门括约肌松弛后不适感较轻。
2、操作时间：普通胃镜约需5-10分钟，肠镜需15-30分钟，时间延长可能增加不适，但肠镜操作中充气扩张肠腔可能引发腹胀。
3、耐受差异：对咽喉刺激敏感者胃镜反应更强烈，对腹部胀气敏感者肠镜不适更明显，心理紧张会放大两种检查的不适感。
4、准备影响：肠镜需提前服用泻药清肠，部分患者认为清肠过程比检查更难受；胃镜需空腹但无须清肠，术前咽喉麻醉可减轻不适。
两种检查均可选择无痛麻醉方式减轻不适，检查后2小时内避免进食，肠镜后需注意补充水分和电解质。
