囊肿的治疗难易程度取决于类型、大小和位置，多数良性囊肿通过观察或简单治疗即可控制，少数复杂囊肿需手术干预。
1、单纯性囊肿表皮囊肿、肝囊肿等囊壁完整的良性病变，通常无须治疗，定期超声监测即可；若出现感染可穿刺引流或口服头孢克洛、阿莫西林克拉维酸钾等抗生素。
2、感染性囊肿继发细菌感染的囊肿可能伴随红肿热痛，需先进行脓液培养，根据结果选择敏感抗生素如左氧氟沙星、甲硝唑，配合局部消毒处理。
3、压迫性囊肿卵巢囊肿或肾囊肿直径超过5厘米压迫脏器时，可在超声引导下注射硬化剂（如无水乙醇），或行腹腔镜囊肿去顶术解除压迫。
4、肿瘤性囊肿囊腺瘤等具有恶变倾向的病变需完整切除，术后病理确诊性质，如卵巢浆液性囊腺瘤需配合肿瘤标志物CA125监测复发。
日常避免反复挤压囊肿部位，体表囊肿破裂后应立即消毒包扎，深部囊肿患者建议每6-12个月复查影像学评估变化。
