牙根烂到肉里通常可以拔除，但需根据牙周组织感染程度和全身健康状况综合评估。龋坏至牙龈下的残根拔除难度较高，可能涉及牙龈翻瓣、去骨等复杂操作，伴有急性化脓性感染时需先控制炎症。
牙根深部腐烂但未引发严重感染时，口腔外科医生可通过微创拔牙技术完整取出残根。术前需拍摄牙片评估牙根形态与邻近结构关系，使用超声骨刀或挺子分根可减少骨组织损伤。局部麻醉下操作多数患者耐受良好，术后配合冷敷和抗生素可降低干槽症风险。
当腐烂牙根引发颌面部间隙感染或伴有全身性疾病时，需暂缓拔牙。糖尿病患者血糖未控制、凝血功能障碍患者需先进行内科治疗。急性期应切开引流并静脉输注抗生素，待炎症消退后再评估拔牙方案。重度牙周脓肿可能导致骨质大面积破坏，此时拔牙后需考虑植骨修复。
残根拔除后三个月是修复关键期，建议选择种植牙或固定桥恢复咀嚼功能。日常使用含氟牙膏与牙线清洁邻面，每半年进行专业洁治可预防邻牙龋坏。吸烟会延缓创口愈合，术后两周内应严格戒烟。出现持续疼痛或异常渗液需及时复诊排除骨髓炎可能。
