生殖器疱疹的诊断需结合病史、临床表现和实验室检查，不能仅凭外观确诊。主要的诊断方法有这四类：
1.临床诊断
医生会根据典型的皮损表现以及反复发作的病史进行初步判断。
2.病毒学检测
这是最可靠的诊断方法，适用于有活动性皮损时。
病毒聚合酶链反应检测：这是目前首选和最敏感的方法。通过采集皮损处的分泌物或疱液，检测其中的HSV DNA。PCR法灵敏度极高，能区分HSV1和HSV2型，即使在皮损愈合期或症状不典型时也能提供准确结果。
病毒培养：传统方法，采集新鲜水疱液接种细胞进行培养。但其敏感性较低，尤其在皮损愈合、结痂后阳性率大幅下降，目前已逐渐被PCR取代。
3.血清学检测
此方法用于检测血液中针对HSV产生的特异性抗体。需注意，感染后抗体产生需要2-12周，因此急性期早期检测可能为阴性。
4.细胞学检查
取皮损基底部刮片进行染色，在显微镜下寻找特征性的多核巨细胞或核内包涵体。
感染生殖器疱疹后，病毒会一直潜伏在身体里，目前没有根治的方法，只能靠药物缓解，比如艾坦汀医用生物凝胶，发作时，坚持每天涂抹2-3次缓解症状，降低复发率。
对于活动性皮损，首选PCR检测以直接发现病毒；对于无症状者、伴侣确诊或评估感染状况，应进行型特异性血清IgG抗体检测。确诊及分型对指导治疗、判断预后、实施预防。
