男性HPV感染的治疗需根据病毒类型和临床表现制定个性化方案，目前尚无特效药物可完全清除病毒，但可通过综合干预控制病情。
高危型HPV感染可能诱发阴茎癌、肛门癌等恶性肿瘤，需结合局部病变程度选择治疗方案。低危型HPV感染常表现为生殖器疣，可采用物理治疗联合药物干预。物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗等直接去除疣体，药物治疗可选用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等外用药抑制病毒复制。对于顽固性疣体或癌前病变，可能需要手术切除。同时应提高免疫力，保持规律作息，避免熬夜和过度疲劳。
治疗期间应避免性接触，伴侣需同步筛查。定期复查HPV-DNA检测和醋酸白试验，观察病毒载量变化。部分患者感染可能持续存在，但通过规范治疗可有效控制症状发展。
