肛门不舒服常见的原因有两种，一种是疾病性的因素，另外就是由于外来不利因素的影响。疾病性的因素比较常见的是存在痔疮的情况，特别是内痔发生脱出的或者是外痔有水肿、血栓发炎的，会引起肛门的不舒服。其次，肛管直肠内的息肉或者是肿瘤组织发生脱出的，也会导致肛门的不舒服。再次，有肛瘘、肛周脓肿等感染性质疾病存在的，会引起肛门的不舒服，或者是存在性传播疾病，比如有尖锐湿疣疣体的生长，表面发生溃破的会导致肛门的不舒服。除了一些疾病性的因素以外，也要排除是不是由于外来因素的影响。比如肛门局部的清洁度不够、内衣裤换洗不及时，或者是穿了过厚的劣质内衣裤等因素所引起。另外，辛辣刺激性的饮食、过量地饮用烈性白酒，都会导致肛门不舒服的产生。
