对于疼痛明显药物治疗临床表现改善不明显，观察一年后无消退者明显肥大的影响，外观和心理压力过大者应采取手术治疗。一般采取保留乳头的皮下乳腺切除术，沿乳晕的边缘作切口，切口超过乳晕周圆的50％容易引起乳头的血供障碍，需注意在乳头的基底处保留一定厚度的皮下组织，这样进的可保证乳头的血供，又可防止乳腺切除后乳头局限的凹陷畸形。除手术切除外，可以应用负压吸引，治疗男性乳房发育症，但原发性的男性乳腺发育症，腺体组织致密，干性负压吸取难以完成，腺体组织不能完全去除。比较有效的方法，是采用肿胀麻醉的技术，注入大量稀释的利多卡因，然后用3到4毫米的抽吸管，将周围的脂肪与腺体组织析出。
