益生菌通常可以长期服用，但需根据个体健康状况调整使用周期。肠道菌群失衡、抗生素治疗后或特定消化系统疾病患者可能需要持续补充，而健康人群则建议阶段性使用。
肠道菌群失衡者长期服用益生菌有助于恢复微生态平衡。这类情况常见于慢性腹泻、肠易激综合征或抗生素相关性腹泻患者，益生菌能竞争性抑制致病菌定植，改善肠道屏障功能。选择双歧杆菌、乳酸菌等特定菌株时需关注临床研究证据，部分菌株如鼠李糖乳杆菌GG株对儿童急性感染性腹泻有明确疗效。长期使用期间应定期评估症状变化，避免过度依赖外源性补充。
健康人群长期连续服用可能影响自身菌群调节能力。日常饮食中含发酵食品如酸奶、泡菜等即可维持基础菌群需求，持续服用益生菌制剂可能导致肠道对外源性菌株产生适应性。建议采用间歇式补充法，每服用2-3个月后暂停1个月，期间通过摄入膳食纤维促进原生菌群繁殖。特殊人群如免疫功能低下者需谨慎，某些活菌制剂可能存在菌血症风险。
选择益生菌产品时应关注菌株特异性、活菌数量及临床验证情况，不同菌株对应不同适应症。服用期间出现腹胀、便秘等不适需及时调整。维持肠道健康还需配合多样化饮食、规律作息等综合措施，益生菌不能替代均衡膳食的作用。建议在医生或营养师指导下制定个性化补充方案，定期进行肠道健康评估。
