永存动脉干形成的原因是在孩子的胚胎时期动脉干制止发育，没有分开成主动脉另有肺动脉，就形成了永存动脉干。永存动脉干属少见的天赋畸形。由于胚胎发育缺陷，未能将原始动脉干分开成主动脉和肺动脉，肺充血型系指除外动脉干不发出肺动脉者。体循环静脉血进入右房右室而喷入动脉干;肺循环静脉血流回左房左室后亦进入动脉干。肺血流量增多、肺动脉压力增高。由于胚胎发育缺陷，未能将原始动脉干分开成主动脉和肺动脉，而留下共同的动脉干，且只有一组半月瓣跨于两心室之上。胚胎期的原始动脉干中断发育，未分开为主动脉和肺动脉，形成永存动脉。
