脑深部电刺激手术的风险就是颅内出血或脑梗死导致神经系统功能缺失，如失语、偏瘫、伤口不愈合或感染，导致电极拔除风险、电机移位需要再次手术调整，等电极风险与其他症状疾病一样。药物和手术治疗对每个帕金森病人的效果是有一定的差异性，脑起搏器也不例外，有的症状改善几乎达到100％，而有的患者较差，因此，并非所有的帕金森患者都有手术治疗的机会;术前严格的评估决定脑起搏器手术预后的情况，对吃药反映情况可预测脑起搏器治疗效果有关系，如病人吃左旋多巴制剂反应较好，脑起搏器治疗效果也较好，也就是说有药物时的症状和没药物时的症状反差巨大，起搏器治疗效果也越好，安装脑起搏器的病人一般要求吃左旋天多巴药物有效，如病人从一开始吃药就没有效果，那么脑起搏器治疗也可能就没有效果。
