菌血症的治疗短则两周，长则两个月。如果患者治疗后临床症状迅速缓解，且原发病变不严重，对这类菌血症患者可在两周左右停止抗生素治疗。但如果原发病变严重，如肺脓肿、肝脓肿、脑脓肿，菌血症合并败血症改变，则此类患者的治疗期应适当延长，如四至六周。如果菌血症的病原体是耐药菌，患者抵抗力差，出现一些并发症，这些抗生素的治疗可能会更长，有可能达到两个月。尽快完善菌血症的血培养，根据药敏结果，选择有效的抗生素进行治疗，早期干预可改善患者预后。建议患者注意休息，放松心情，多吃新鲜蔬菜和水果，避免劳累和刺激性食物。
