诊断结肠炎主要根据患者的临床表现和辅助检查，结肠炎的患者可出现黏液便和脓血便，轻症者每天3~4次，重者可达数10次，粪便呈血水样，轻度患者没有明显的腹痛，中度和重度患者会出现中腹或全腹的疼痛，排便后有所缓解。患者大多会有里急后重的情况，部分患者可出现贫血、发热、腹胀、消瘦、乏力、肠鸣、失眠、多梦、怕冷等症，实验室检查可见粪便在肉眼下可见有血脓、粘液、培养无致病菌，急性期镜下可见大量的红细胞和白细胞。活动期测免疫球蛋白增高最为多见，内镜下见肠段黏膜充血、水肿、粒状突起、多发性点状或斑片状浅小糜烂或溃疡，表面有黏液或黄白苔等。
