男性尖锐湿疣的治疗时间通常为1-3个月，实际疗程受疣体大小、数量、治疗方法、免疫状态及是否复发等因素影响。
1、疣体大小：
较小的疣体直径小于5毫米通过药物治疗或物理治疗可能2-4周消退，较大疣体超过1厘米需多次治疗或手术切除，恢复期延长至2个月以上。伴随局部组织水肿时需额外护理时间。
2、病灶数量：
单发疣体治疗周期较短，多发或融合性疣体需分次处理，每2周进行一次治疗，总疗程可能达3个月。肛周或尿道口多发病灶易残留病毒，需延长观察期至6个月。
3、治疗方法：
冷冻治疗需2-3次，间隔2周；光动力疗法3-5次为一疗程；手术切除后创面愈合需7-10天。咪喹莫特等外用药物起效较慢，需持续使用8-12周。
4、免疫功能：
合并糖尿病或HIV感染者细胞免疫功能低下，病毒清除速度减慢50％以上，需同步进行免疫调节治疗。CD4细胞计数低于200/μL者易复发，总疗程可能超过半年。
5、复发情况：
30％患者治疗后3个月内复发，需重新开始疗程。复发者建议联合使用干扰素凝胶与物理治疗，观察期延长至12个月。吸烟者复发风险增加2倍，需强制戒烟。
治疗期间应每日清洗患处并保持干燥，避免搔抓导致病毒扩散。建议穿着纯棉透气内裤，减少局部摩擦。饮食需补充富含维生素A、C的深色蔬菜及柑橘类水果，限制辛辣刺激食物。适度进行快走、游泳等有氧运动增强免疫力，但应避免剧烈运动引发出血。性伴侣需同步检查治疗，治愈前严格使用避孕套。治疗后第1年每3个月复查HPV分型检测，观察病毒载量变化。
