新生儿化脓性脑膜炎不一定有后遗症，多数患儿经及时规范治疗可完全康复。
新生儿化脓性脑膜炎是否遗留后遗症与感染严重程度、病原体类型、治疗时机等因素密切相关。轻中度感染患儿若在发病24小时内接受足量抗生素治疗，如注射用头孢曲松钠、注射用美罗培南等，并配合降颅压、营养支持等综合治疗，脑膜炎症得到有效控制后通常不会影响神经系统发育。部分患儿可能出现一过性肌张力增高或喂养困难，但随康复训练可逐渐消失。
少数重症患儿合并脑脓肿、脑室管膜炎或治疗延误时，可能遗留听力障碍、运动功能障碍或认知发育迟缓等后遗症。此类患儿需在感染控制后尽早进行神经发育评估，并开展康复训练以改善预后。
患儿出院后应定期复查脑电图和头颅影像学检查，家长需密切观察其喂养、睡眠及反应能力，发现异常及时返院复查。
