扁桃体手术后可能出现暂时性咽喉疼痛、出血或感染等后遗症，多数症状会随着恢复逐渐缓解。
扁桃体切除术后1-2周内，患者常感到咽喉部明显疼痛，尤其在吞咽时加重，疼痛程度因人而异，通常可通过医生开具的止痛药物缓解。术后24小时内存在少量渗血属于正常现象，但若出现持续鲜红色血液或血块需立即就医。部分患者因手术创伤可能出现低热，体温不超过38摄氏度时可通过物理降温处理。术后1个月内咽喉部黏膜处于修复期，可能出现暂时性味觉改变或口干症状，随着组织愈合会逐步恢复。
少数情况下可能出现术后创面感染，表现为持续高热、颈部淋巴结肿痛或脓性分泌物，需及时使用抗生素治疗。个别患者因瘢痕体质可能出现咽喉部粘连，导致吞咽不适或发音改变，需通过康复训练改善。儿童患者术后可能出现暂时性打鼾加重，通常2-3周后随着组织水肿消退而缓解。极少数情况下可能因术中止血不彻底导致迟发性出血，多发生在术后5-7天。
术后应保持口腔清洁，使用医生推荐的漱口水每日含漱3-4次。饮食以温凉流质为主，避免过硬、过热或刺激性食物。术后2周内禁止剧烈运动或用力擤鼻涕，睡眠时可抬高床头减少咽喉部充血。若出现持续发热、剧烈疼痛或大量出血等情况，应立即返院复查。多数后遗症为暂时性，规范护理下1个月内可基本恢复。
