腐乳在发酵过程中分解了大豆中易致胀气的成分，因此比直接食用大豆更少引起胀气。大豆含有棉子糖和水苏糖等低聚糖，人体缺乏分解这些糖类的酶，易导致肠道产气；而腐乳通过微生物发酵降解了这些物质，同时产生有助于消化的酶类。
大豆中的棉子糖和水苏糖属于难消化低聚糖，进入肠道后会被细菌发酵产生气体，引发腹胀。腐乳制作时，毛霉或根霉等微生物分泌α-半乳糖苷酶，将这些低聚糖分解为可吸收的单糖，显著减少产气底物。发酵还使大豆蛋白质部分水解为小分子肽和氨基酸，降低胃肠消化负担。腐乳含有的活性酶类如蛋白酶、脂肪酶能辅助食物分解，其含有的益生菌也可调节肠道菌群平衡。传统腐乳制作过程中长达数月的发酵，使大豆细胞壁纤维素被充分降解，进一步减少对肠道的刺激。
日常食用腐乳建议选择正规厂家生产的低盐产品，每次摄入量控制在半块以内。高血压或肾功能不全者需谨慎食用，发酵豆制品可能引发组胺不耐受的人群应避免。保存时注意密封冷藏防止杂菌污染，开封后尽快食用。搭配主食食用可延缓钠吸收，避免空腹大量摄入。
