番茄汁中的有机酸主要有柠檬酸、苹果酸等，这些成分具有促进消化、调节酸碱平衡、增强铁吸收等作用。
番茄汁中的柠檬酸和苹果酸能够刺激胃酸分泌，帮助分解食物中的蛋白质和脂肪，缓解餐后饱胀感。对于胃肠功能较弱的人群，适量饮用番茄汁有助于改善消化不良症状，但胃酸过多者应避免空腹饮用。
有机酸在体内代谢后生成碱性物质，可中和因高蛋白饮食或代谢产生的酸性产物，维持血液pH值稳定。长期摄入富含有机酸的食物有助于预防因酸碱失衡引发的疲劳、骨质疏松等问题。
有机酸能将食物中的三价铁转化为更易吸收的二价铁，尤其与富含铁的菠菜、红肉等食物同食时效果更显著。对于缺铁性贫血患者，餐后饮用番茄汁可作为辅助改善手段。
有机酸能与番茄红素、维生素C等抗氧化成分产生协同作用，延缓自由基对细胞的损伤。这种组合对预防心血管疾病和皮肤老化具有一定意义。
柠檬酸等有机酸可通过降低pH值抑制部分致病菌生长，延长食物保质期。在家庭烹饪中，用番茄汁腌制肉类既能增嫩，也能减少细菌滋生风险。
建议每日饮用番茄汁不超过300毫升，避免过量摄入刺激胃肠黏膜。高血压患者应选择低钠型番茄汁，肾结石患者需咨询医生后饮用。新鲜番茄榨汁时保留果肉可增加膳食纤维摄入，饮用后及时漱口以防酸蚀牙釉质。搭配橄榄油烹调可提高脂溶性营养素吸收率。
