发芽黄豆通常对人体无害，反而营养价值有所提升，但需注意储存不当可能滋生霉菌或细菌。
黄豆发芽过程中，部分抗营养因子如植酸会被分解，蛋白质和维生素含量增加，更易消化吸收。发芽后的黄豆含有丰富的维生素C、B族维生素及活性酶类物质，适合制作豆芽菜或发酵食品。正常发芽条件下不会产生有毒物质，但若发芽环境湿度过高或温度不适宜，可能污染黄曲霉等产毒霉菌。食用前需观察豆芽颜色和气味，出现发黑、黏腻或异味时应丢弃。
少数情况下，发芽黄豆可能引发过敏反应，对豆类过敏者需谨慎食用。若食用储存超过3天的发芽黄豆或未彻底烹煮，可能存在细菌性食物中毒风险。购买时应选择芽体洁白、根部清爽的产品，居家自发豆芽需每日换水并避光培养。
建议将发芽黄豆充分加热后食用，避免凉拌或生食。胃肠功能较弱者可少量尝试，出现腹胀腹泻需暂停食用。日常储存应置于透气容器中冷藏保存，2天内食用完毕为佳。
