发芽大蒜仍含有一定营养，但部分营养成分会发生变化。
大蒜发芽后，蒜瓣中的水分和糖类物质会逐渐消耗，用于支持芽的生长，导致口感变差、辛辣味减弱。但发芽过程中会产生新的活性成分如蒜氨酸酶和抗氧化物质，其抗氧化能力可能比未发芽时更强。同时，维生素C、膳食纤维等含量可能略有增加，而大蒜素含量会因转化消耗而降低。发芽大蒜的芽苗部分含有丰富的叶绿素和维生素A，可作为蔬菜食用。
若大蒜发芽后出现霉变、腐烂或产生异味，则可能滋生黄曲霉等有害物质，此时不宜食用。正常发芽的大蒜建议切除发绿或发苦的芽芯部分，保留未变色的蒜肉烹调食用。将大蒜存放在阴凉干燥处可延缓发芽，已发芽的大蒜可水培养殖蒜苗。
日常食用发芽大蒜时，建议将其切碎后静置10分钟，使蒜氨酸酶充分转化为具有保健作用的大蒜素。胃肠功能较弱者应控制摄入量，避免空腹食用。若发现食用后出现腹痛、腹泻等不适，应立即停止进食并观察症状变化。合理利用发芽大蒜，既能减少食物浪费，也能获得独特的营养价值。
