HPV疫苗不适合妊娠期女性、免疫系统受损者以及对疫苗成分过敏的人群。
妊娠期女性接种HPV疫苗可能对胎儿发育产生潜在风险，建议在妊娠结束后再考虑接种。免疫系统受损者包括艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人群，这类人群接种后可能无法产生足够的免疫应答。对疫苗成分如酵母、蛋白质过敏者接种后可能出现严重过敏反应，包括呼吸困难、荨麻疹等症状。
部分急性疾病患者如高热期间应暂缓接种，待病情稳定后再评估接种条件。哺乳期女性接种需谨慎，目前尚无充分证据证明疫苗对婴儿的安全性。已经感染HPV病毒的人群接种疫苗仍有一定保护作用，但预防效果可能降低。
接种前应如实告知医生健康状况和过敏史，由专业医生评估是否适合接种。日常注意性行为防护和定期进行宫颈癌筛查同样重要。
