黄瓜连皮吃通常能更好地保留维生素等营养成分。黄瓜皮富含膳食纤维、维生素C、维生素K及部分抗氧化物质，但需注意农药残留和表皮清洁问题。
黄瓜表皮含有较高浓度的维生素C和维生素K，其中维生素C具有抗氧化作用，维生素K参与凝血功能。表皮中的深绿色部分还含有叶绿素和类黄酮等植物活性成分。带皮食用时，黄瓜的膳食纤维含量比去皮后增加约30％，有助于促进胃肠蠕动。表皮中的硅元素对皮肤和结缔组织健康有益。多数品种的黄瓜表皮较薄，口感清脆，不会明显影响食用体验。
部分情况下建议去皮食用，包括表皮有明显蜡质层或农药残留风险的黄瓜，这类黄瓜需用专用蔬果清洁剂浸泡。表皮受损或出现霉斑的黄瓜应去除病变部位。消化功能较弱的人群可能更适合去皮食用。某些特殊品种如厚皮黄瓜，其表皮可能含有较多苦味物质葫芦素C，过量摄入可能引起不适。种植过程中使用较多农药的黄瓜，即使用盐水浸泡也难以完全去除表皮残留。
食用前建议用流动清水搓洗表皮30秒以上，可配合软毛刷清洁凹凸处。有机种植的黄瓜更适合带皮食用。若选择去皮，建议用陶瓷刀薄削以减少果肉损耗。黄瓜不宜与维生素C分解酶含量高的食物如胡萝卜同食，可搭配富含维生素E的坚果类食物促进营养吸收。储存时建议用保鲜膜包裹后冷藏，避免表皮因失水变软。
