豆芽并不是越大越有营养，其营养价值与生长阶段、品种及培育方式有关。
豆芽在发芽初期营养价值较高，此时维生素C、B族维生素及活性酶含量最丰富。随着豆芽继续生长，部分营养物质会逐渐消耗于茎叶伸长过程，导致单位重量下的营养素密度降低。黄豆芽在1-3厘米时蛋白质转化率最高，绿豆芽在2-4厘米时抗氧化物质含量最理想。不同品种豆芽的营养峰值期存在差异，黄豆芽的异黄酮在胚根刚突破种皮时含量最高，而绿豆芽的氨基酸谱在芽长3厘米左右时最均衡。
过度生长的豆芽可能出现木质化现象，茎秆纤维增粗导致消化吸收率下降。部分市售粗壮豆芽可能使用植物生长调节剂催生，这类物质残留可能影响食品安全。水培豆芽在见光生长后会启动光合作用，虽然叶绿素含量增加，但部分原储存的蛋白质和糖类会被转化消耗。传统土培豆芽因避光生长，通常能保留更多种子储备的营养物质。
建议选择芽体匀称、胚根短小的新鲜豆芽，避免选购茎部中空或须根过长的产品。家庭自发豆芽时，可在子叶刚展开时采收，此时营养价值与口感俱佳。不同烹饪方式对营养保留有影响，快速焯水能最大限度保存水溶性维生素，而低温清炒有助于脂溶性营养素释放。储存时需保持湿润冷藏，防止豆芽继续生长消耗养分。
