豆腐乳在发酵过程中会产生多种营养物质，主要包括蛋白质分解产物、维生素B族、益生菌及功能性活性成分。豆腐乳的发酵过程通过微生物作用转化大豆成分，形成独特风味并提升营养价值。
1、蛋白质分解产物大豆蛋白在毛霉或根霉等微生物作用下水解为小分子肽和游离氨基酸，如谷氨酸、天冬氨酸等鲜味物质。这些产物更易被人体吸收，且部分活性肽具有调节血压、抗氧化等功能。
2、维生素B族发酵过程中微生物合成维生素B1、B2、B12等，其中维生素B12含量显著增加，对素食者是重要补充来源。B族维生素参与能量代谢和神经系统功能维护。
3、益生菌增殖发酵菌种如毛霉、红曲霉等形成优势菌群，其代谢产物和活菌体可调节肠道微生态平衡。部分菌株还能产生γ-氨基丁酸等神经调节物质。
4、异黄酮转化大豆异黄酮苷在发酵中转化为苷元形式，如染料木素和大豆黄素，生物利用度提高3-5倍。这些成分具有类雌激素活性，可能帮助缓解更年期症状。
5、矿物质溶出发酵过程使钙、铁、锌等矿物质从结合态释放，提高可溶性。同时微生物代谢产生的植酸酶能分解植酸，减少矿物质吸收阻碍。
豆腐乳虽营养丰富，但含盐量较高，建议每日食用不超过20克。高血压患者应谨慎食用，开封后需冷藏并尽快食用以避免杂菌污染。搭配主食食用可平衡钠摄入，发酵产生的核苷酸类物质还能促进谷物中锌的吸收利用。
