低温酸奶和常温酸奶各有优势，具体选择需根据营养需求、储存条件和个人体质决定。低温酸奶含有活性益生菌，有助于调节肠道菌群；常温酸奶经过灭菌处理便于保存，但益生菌活性丧失。
低温酸奶需冷藏保存，其中的保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌等活性益生菌能帮助维持肠道微生态平衡，对乳糖不耐受人群更友好。这类酸奶蛋白质和钙质保存完整，维生素B族含量较高，但保质期通常较短。常温酸奶采用巴氏杀菌处理，虽然失去活菌但保留了蛋白质和钙质，便于携带且保质期可达数月。其口感更稳定，适合外出、旅行或冷藏条件不足时食用，对胃肠敏感者刺激性较小。
选择时应注意查看营养成分表，低温酸奶要确保冷链完整，开封后尽快饮用。常温酸奶开封后也需冷藏并尽快食用。乳糖不耐受者可优先选择低温酸奶，术后恢复期或免疫力低下人群建议选择灭菌型常温酸奶。无论哪种酸奶，建议选择无添加糖产品，糖尿病患者应选择无糖配方。
